नदी की जर्सी, स्टॉक गोपोर्ट एंड टेम के जंक्शन से, स्टॉकपोर्ट, इंजी। पर गठित, दो हेडस्ट्रीम, जो कि उत्तरी इंग्लैंड के अपलैंड स्पाइन, पेनिंस के पश्चिम में लगभग 1,600 फीट (490 मीटर) की रफ्तार से बढ़ती हैं। लंकाशायर और चेशायर मैदानी इलाकों के बड़े क्षेत्रों को सूखाते हुए, जर्सी पूरी तरह से 150 फीट (45 मीटर) से नीचे है। यह मैनचेस्टर के दक्षिणी उपनगरों के माध्यम से बहती दिशा में बहती है और फ्लिक्सटन में, मैनचेस्टर शिप कैनाल के रूप में अपने प्रमुख दाहिने किनारे की सहायक नदी, इरवेल को प्राप्त करती है। मर्सी को कृत्रिम रूप से वारंगलटन के रूप में नहर द्वारा संशोधित किया जाता है, जहां यह ज्वार बन जाता है। रनकॉर्न में, नदी अपने प्रमुख बाएं-किनारे की सहायक नदी, वीवर को प्राप्त करती है, और क्षेत्र में 30 वर्ग मील (75 वर्ग किमी) से अधिक चौड़ी मुहाना बनाने के लिए बाहर निकलती है। मुहाना अपने समुद्री छोर पर प्रतिबंधित है, जिससे गाद के जमाव को रोका जा सके और लिवरपूल पोर्ट की ड्रेजिंग लागत को कम किया जा सके। मुहाना के इस हिस्से को तीन बार सुरंग दी गई है: दो सड़क सुरंग (1971 में खोली गई) और एक रेलवे सुरंग लिंक लिवरपूल (उत्तर) में बीरकेनहेड (दक्षिण) के साथ। 70 मील (110 किमी) के कुल कोर्स के बाद Mersey आयरिश सागर में प्रवेश करता है।