मध्य अमेरिका के लिए स्वतंत्रता पहली बार 15 सितंबर, 1821 को घोषित की गई थी, लेकिन मेक्सिको ने तब दो साल के लिए इस क्षेत्र को अपने अधीन कर लिया था। मध्य अमेरिका के नए स्वतंत्र प्रांतों के झंडे को 21 अगस्त, 1823 को अपनाया गया था और इसमें केंद्र में हथियारों के राष्ट्रीय कोट के साथ नीली-सफेद-नीली धारियों को शामिल किया गया था। उन हथियारों में मूल रूप से समान डिजाइन तत्व शामिल थे जिन्हें निकारागुआ आज उपयोग करता है। महासंघ के पांच सदस्य देशों के स्वतंत्र देश बनने के बाद भी निकारागुआ ने पुराना झंडा फहराया। अंत में, 1854 में, पीले-सफेद-स्कारलेट का एक नया क्षैतिज निकारागुआ तिरंगा चुना गया था, लेकिन यह लंबे समय तक उड़ नहीं पाया। उत्तर अमेरिकी फाइलिबस्टर्स (सैन्य साहसी) द्वारा गृहयुद्ध और हस्तक्षेप बाद में कई झंडे पेश किए गए और जल्दी से प्रतिस्थापित किए गए।
1908 में पुराने फेडरेशन के झंडे को निकारागुआ के राष्ट्रीय बैनर के रूप में फिर से खोल दिया गया, जिसमें हथियारों के कोट में उपयुक्त संशोधन थे। हथियारों के कोट में और बदलाव के साथ उस मूल डिजाइन को 27 अगस्त, 1971 के कानून द्वारा फिर से पुष्टि की गई, हालांकि सैंडिस्ता आंदोलन के लाल-काले क्षैतिज बिकोल को सैंडिस्ता शासन (1979) के वर्षों के दौरान एक माध्यमिक राष्ट्रीय ध्वज माना गया था -90)। ध्वज पर हथियारों के कोट में समानता के लिए एक त्रिकोण, स्वतंत्रता के लिए एक स्वतंत्र टोपी और दो महासागरों के बीच पांच ज्वालामुखी, अटलांटिक और प्रशांत महासागर के बेसिन के बीच पांच मूल मध्य अमेरिकी देशों के प्रतीक शामिल हैं।