1 जुलाई 1823 को, मध्य अमेरिका ने मैक्सिकन शासन के तहत दो साल बाद अपनी स्वतंत्रता की घोषणा की और मध्य अमेरिका के संयुक्त प्रांत का गठन किया। 1838 में होंडुरास ने खुद को संयुक्त प्रांत से अलग कर लिया, हालांकि इसने महासंघ के झंडे का इस्तेमाल जारी रखा, जो 1823 से चला आ रहा था। विदेशों से आए सिविल युद्धों और आक्रमणों ने 1840 और 1862 के बीच होंडुरास को त्रस्त कर दिया था। शांति के आगामी वर्षों में, ध्यान उचित राष्ट्रीय स्तर पर केंद्रित था। प्रतीकों। 16 फरवरी, 1866 को, यह निर्णय लिया गया कि मध्य अमेरिकी नीले-सफेद-नीले ध्वज को बरकरार रखा जाएगा, लेकिन एक विशिष्ट नए केंद्रीय प्रतीक के साथ। चुने गए डिज़ाइन में पांच नीले सितारे शामिल थे, जो पूर्व मध्य अमेरिकी महासंघ के पांच सदस्यों (होंडुरास, अल सल्वाडोर, निकारागुआ, कोस्टा रिका और ग्वाटेमाला) के प्रतीक थे। उस डिजाइन के लिए हथियारों के राष्ट्रीय कोट को जोड़ा जाना था जब ध्वज को एक नौसेना युद्धपोत द्वारा फहराया गया था।
संयुक्त राज्य अमेरिका द्वारा एक गृहयुद्ध में अपने राष्ट्रीय संघ को संरक्षित करने के एक साल से भी कम समय बाद हंडूरन ध्वज को अपनाया गया था। उसी युग में, अल सल्वाडोर ने स्टार्स और स्ट्राइप्स के बाद लाल और नीले रंगों के उलट एक पैटर्न अपनाया। यह संभव है कि होंडुरास द्वारा अपनाए गए सितारों ने अपनी तीन धारियों के साथ संयुक्त राज्य अमेरिका के झंडे का सूक्ष्म संदर्भ (जिसमें प्रत्येक सितारा एक राज्य को एकजुट करता है) का गठन किया, विशेष रूप से निरंतर समर्थन के प्रकाश में कि एक प्रस्तावित मध्य अमेरिकी होंडुरन बुद्धिजीवियों और राजनेताओं के बीच, कम से कम अपने सार्वजनिक बयानों में महासंघ को मिला। पांच देशों के पुनर्मिलन के कई अपमानजनक प्रयास 19 वीं शताब्दी के अंत और 20 वीं शताब्दी के आरंभ में किए गए थे, जो हर बार क्षैतिज नीले-सफेद-नीले झंडे के नीचे होते थे। (एल सल्वाडोर, ग्वाटेमाला, कोस्टा रिका और निकारागुआ के ध्वज इतिहास भी देखें।)
