स्पेनिश शासन के खिलाफ उनके विद्रोह में, 9 अक्टूबर 1820 को गुआयाकिल शहर में इक्वाडोर के देशभक्तों ने केंद्र में तीन सफेद सितारों के साथ हल्के नीले और सफेद रंग के पांच समान क्षैतिज पट्टियों का एक झंडा दिखाया। रंगों और पट्टियों ने जोस डी सैन मार्टिन और उनकी सेना एंडीज द्वारा किए गए अर्जेंटीना के झंडे से उनकी प्रेरणा ली। 24 मई, 1822 को पिचिंचा की लड़ाई में स्पेनिश के खिलाफ विजयी, जनरल एंटोनियो जोस डी सुकरे ने क्षैतिज पीला-नीला-लाल तिरंगा फहराया जिसे 1806 में वेनेजुएला में फ्रांसिस्को डी मिरांडा ने उड़ाया था। अन्य पूर्व स्पेनिश उपनिवेशों की इन दो ध्वज परंपराओं ने 19 वीं शताब्दी में इक्वाडोर के झंडे को प्रभावित किया।
पहले 2 जून, 1822 को एक नीले रंग की कैंटोन पर एक सफेद स्टार के साथ एक सफेद झंडा अपनाया गया था; इसे 6 मार्च, 1845 को सफेद-नीले-सफेद ऊर्ध्वाधर पट्टियों और तीन सफेद सितारों के झंडे से बदल दिया गया था। बाद में उस वर्ष सितारों की संख्या सात हो गई थी। गैब्रियल गार्सिया मोरेनो के तहत, 26 सितंबर, 1860 को पड़ोसी देश कोलंबिया द्वारा इस्तेमाल की जा रही असमान पीली-नीली-लाल धारियों में बदल गया। 10 जनवरी, 1861 को उस निर्णय की पुष्टि की गई और 5 दिसंबर, 1900 को पुन: पुष्टि की गई। इक्वाडोर के हथियारों का कोट उस समय ध्वज पर दिखाई देता है, जब इसे विदेश में या आधिकारिक उद्देश्यों के लिए इस्तेमाल किया जाता है, ताकि इसे कोलंबिया के ध्वज से अलग किया जा सके। डिजाइन में बर्फ से ढके पहाड़ों, एक नदी, एक स्टीमर और एक सूरज के साथ एक अंडाकार ढाल पर एक कोंडोर शामिल है। एक पुष्पांजलि, लिपटी झंडे, और एक डिजाइन पूरा fasces।
