"प्राकृतिक पात्रों" द्वारा वर्गीकरण
लिनियस ने यौन प्रणाली को "वनस्पति विज्ञान के सुधार" के लिए अपना मुख्य योगदान नहीं माना, जिसके लिए वह आकांक्षी था। उनका मुख्य योगदान एक पुस्तिका, फंडामेंटा बोटेनिका (1736; "द फाउंडेशन ऑफ बॉटनी") के रूप में आया, जिसने पौधों के वर्गीकरण और नामकरण में सिद्धांतों और नियमों का पालन किया।
1735 में लिनिअस की मुलाकात बोहेव से हुई, जिसने लिनिअस को जॉर्ज क्लिफोर्ड से मिलाया, जो एक स्थानीय अंग्रेजी व्यापारी और बैंकर थे, जिनके डच ईस्ट इंडिया कंपनी से करीबी संबंध थे। लिनियस के ज्ञान से प्रभावित होकर, क्लिफोर्ड ने लिनियस को अपने वनस्पति उद्यान के क्यूरेटर के रूप में एक पद की पेशकश की। लिनिअस ने इस पद को स्वीकार किया और इस अवसर का उपयोग अलग-अलग प्रकाशनों में फंडामेंटा बोटेनिका के कुछ अध्यायों के विस्तार के लिए किया: बिब्लियोथेका बोटेनिका (1736; "द लाइब्रेरी ऑफ़ बॉटनी"); क्रिटिका बोटानिका (1737; "ए क्रिटिक ऑफ़ बॉटनी"), वानस्पतिक नामकरण पर; और वर्ग प्लांटारुम (1738; "पौधों की कक्षाएं")। उन्होंने इन पुस्तकों में दो और प्रकाशनों में रखी गई सैद्धांतिक रूपरेखा को लागू किया: हॉर्टस क्लिफ़ोर्टियानस (1737), क्लिफर्ड के संग्रह में निहित प्रजातियों की एक सूची; और Genera Plantarum (1737; "पौधों की उत्पत्ति"), जिसने प्लांट जनर की पहली और पहली बार टूरनेफ द्वारा प्रस्तावित परिभाषाओं को संशोधित और अद्यतन किया।
लिनेयस द्वारा जेने प्लांटारुम को उसकी मुकदमेबाजी उपलब्धि के रूप में माना जाता था। जेनेरिक परिभाषा में अन्य वनस्पतिशास्त्रियों द्वारा पहले के प्रयासों के विपरीत, जो कि मनमाना विभाजन के एक सेट से आगे बढ़ा, जेनेरा प्लेंटारम ने एक प्रणाली प्रस्तुत की, जो लिनियस को फूल और फलों के सभी भागों के "प्राकृतिक पात्रों" को प्राकृतिक विवरण कहा जाता है। मनमाने ढंग से विभाजनों पर आधारित प्रणालियों (उनकी अपनी यौन प्रणाली सहित) के विपरीत, प्राकृतिक वर्णों पर आधारित एक प्रणाली नई प्रजातियों की बढ़ती संख्या को समायोजित कर सकती है - जो अक्सर अलग-अलग रूपात्मक विशेषताओं को समाहित करती है - यूरोप में अपने ओवरसीज ट्रेडिंग पोस्ट और कॉलोनियों से डालना।
लिनिअस ने जीवों के कृत्रिम और प्राकृतिक वर्गीकरण के बीच अंतर किया, हालांकि, उस तंत्र के सवाल को उठाया जिसने जीवों को प्राकृतिक पदानुक्रम में गिरने की अनुमति दी। वह केवल प्रजातियों के संबंध में इस प्रश्न का उत्तर दे सकता था: लिनियस के अनुसार प्रजातियां, रूप में समान थीं क्योंकि वे दुनिया की शुरुआत में भगवान द्वारा बनाई गई एक ही माता-पिता की जोड़ी से निकली थीं। उनके कई समकालीनों ने एक समान प्रजाति अवधारणा साझा की। ऐसा ही एक उल्लेखनीय व्यक्तित्व फ्रांसीसी प्रकृतिवादी जॉर्जेस-लुइस लेक्लेर डी बफन था, जो उस समय एक समान सभी तरह के प्राकृतिक इतिहास प्रोजेक्ट में लगे हुए थे - हालांकि बफ़न ने प्राकृतिक पीढ़ी, आदेश, या कक्षाओं के अस्तित्व पर संदेह किया था। लिनियस ने संकरण के संदर्भ में इन विभाजनों के अस्तित्व को समझाने की कोशिश की; हालाँकि, प्राकृतिक पदानुक्रमों के सवाल का संतोषजनक जवाब नहीं मिलेगा, जब तक कि अंग्रेजी प्रकृतिवादी चार्ल्स डार्विन ने अपनी उत्पत्ति की उत्पत्ति (1859) में सामान्य वंश द्वारा समानता की व्याख्या नहीं की।
