नए वायरस उपभेदों का विकास
वायरस जो जानवरों को संक्रमित करते हैं, वे एक प्रजाति से दूसरे प्रजाति में कूद सकते हैं, जिससे एक नया, आमतौर पर नए मेजबान में गंभीर बीमारी हो सकती है। उदाहरण के लिए, 2003 में कोरोनाविरिडे परिवार में एक वायरस ने एक पशु जलाशय से छलांग लगाई, जिसे इंसानों के लिए घोड़े की नाल का चमगादड़ माना जाता था, जिससे मनुष्यों में अत्यधिक रोगजनक बीमारी हो जाती है जिसे गंभीर तीव्र श्वसन सिंड्रोम (SARS) कहा जाता है। सार्स कोरोनावायरस की क्षमता घोड़े की नाल के चमगादड़ से मनुष्यों में कूदने के लिए निस्संदेह वायरस में आनुवंशिक परिवर्तन की आवश्यकता होती है। हथेली के सिवे में परिवर्तन होने की आशंका है, क्योंकि हॉर्सशू चमगादड़ में मौजूद SARS वायरस सीधे मनुष्यों को संक्रमित करने में असमर्थ है।
इस तरह के नए उभरे हुए वायरस अक्सर मनुष्यों में अत्यधिक संक्रामक होते हैं, क्योंकि वे पहले मानव प्रतिरक्षा प्रणाली द्वारा सामना नहीं किए गए हैं और इस प्रकार मनुष्यों में उनके खिलाफ कोई प्रतिरक्षा नहीं है। उदाहरण के लिए, कोरोनोवायरस जो सार्स का कारण बनता है, मनुष्यों में जल्दी से फैलता है, एक महत्वपूर्ण बीमारी का खतरा बन जाता है। यात्रा और संगरोध उपायों पर प्रतिबंध के कारण वायरस को तुरंत नियंत्रण में लाया गया था। 2019 के अंत में SARS-CoV-2 नामक एक अन्य प्रकार का कोरोनावायरस चीन में उभरा और एक महामारी को जन्म देता है। SARS-CoV-2 ने कोरोनोवायरस रोग 2019 (COVID-19) नामक बीमारी का कारण बना, जो कि SARS से काफी मिलता-जुलता था, लेकिन 65 वर्ष से अधिक आयु के व्यक्तियों में काफी अधिक मृत्यु दर का कारण बना।
इन्फ्लुएंजा एक वायरस जो मनुष्यों को संक्रमित करता है, एक नाटकीय एंटीजेनिक परिवर्तन से गुजर सकता है, जिसे एंटीजेनिक शिफ्ट कहा जाता है, जो वायरस पैदा करता है जो महामारी का कारण बनता है। यह नाटकीय परिवर्तन होता है क्योंकि इन्फ्लूएंजा ए वायरस में एक बड़े पशु जलाशय, जंगली जलीय पक्षी हैं। इन्फ्लूएंजा ए वायरस का आरएनए जीनोम आठ खंडों के रूप में है। यदि एक मध्यवर्ती मेजबान, शायद सुअर, एक साथ एक मानव और एक एवियन इन्फ्लूएंजा ए वायरस से संक्रमित है, तो जीनोम आरएनए खंडों को फिर से संक्रमित किया जा सकता है, एक नए वायरस की उपज होती है जिसमें सतह प्रोटीन होता है जो कि इन्फ्लूएंजा के वायरस से प्रतिरक्षात्मक रूप से अलग होता है मानव आबादी में घूम रहे हैं। क्योंकि मानव आबादी में नए वायरस के खिलाफ बहुत कम या कोई प्रतिरक्षात्मक सुरक्षा नहीं होगी, एक महामारी का परिणाम होगा। यह 1957 फ्लू महामारी, 1968 फ्लू महामारी और 2009 के इन्फ्लूएंजा महामारी (H1N1) में सबसे अधिक संभावना है।
महामारी इन्फ्लूएंजा एक वायरस भी स्पष्ट रूप से एक अलग तंत्र द्वारा उत्पन्न हो सकता है। यह पोस्ट किया गया है कि 1918-1919 के इन्फ्लूएंजा महामारी के कारण होने वाले तनाव को एक एवियन वायरस से सभी आठ आरएनए खंड प्राप्त हुए और फिर इस वायरस ने स्तनधारी कोशिकाओं के अनुकूल होने की प्रक्रिया में कई परिवर्तन किए। बर्ड फ्लू के वायरस, जो 1990 के दशक से एशिया से यूरोप और अफ्रीका तक फैल गए हैं, इस मार्ग को महामारी क्षमता तक ले जाते दिखाई देते हैं। ये वायरस, जो सीधे मुर्गियों से मनुष्यों में भेजे गए हैं, में केवल एवियन जीन होते हैं और मनुष्यों में अत्यधिक रोगजनक होते हैं, जिससे मृत्यु दर 50 प्रतिशत से अधिक हो जाती है। बर्ड फ्लू के वायरस ने अभी तक मनुष्यों से मनुष्यों में कुशलता से संचारित करने की क्षमता हासिल नहीं की है, और यह ज्ञात नहीं है कि ऐसा करने के लिए आनुवंशिक परिवर्तन क्या होने चाहिए।
