विदेश कार्यालय
बर्टन अब पश्चिमी अफ्रीका के तट से एक स्पेनिश द्वीप फर्नांडो पो में कौंसुल के रूप में ब्रिटिश विदेश कार्यालय में प्रवेश किया। अपने तीन वर्षों के दौरान, उन्होंने पश्चिम अफ्रीका में अन्वेषण की कई छोटी यात्राएँ कीं, पाँच पुस्तकों को भरने के लिए पर्याप्त सामग्री जुटाई। जन्म, विवाह, और मृत्यु के साथ-साथ बुतपरस्ती, कर्मकांड, हत्या, नरभक्षण, और विचित्र यौन प्रथाओं के संबंध में आदिवासी रिवाजों के उनके स्पष्ट विवरण, हालांकि आधुनिक मानवविज्ञानी द्वारा प्रशंसा की जाती है, उन्होंने उन्हें विदेशी कार्यालय के साथ कोई एहसान नहीं किया, जो उन्हें सनकी मानते थे यदि नहीं खतरनाक।
सितंबर 1864 में छुट्टी पर लंदन लौटते हुए, बर्टन को ब्रिटिश एसोसिएशन फॉर द एडवांसमेंट ऑफ़ साइंस के सामने स्पेक के साथ बहस करने के लिए आमंत्रित किया गया था। स्पैके, जिन्होंने ब्रिटिश सैनिक और खोजकर्ता जेम्स ऑगस्टस ग्रांट के साथ ज़ांज़ीबार से लेक विक्टोरिया तक एक यादगार यात्रा की थी और फिर नील नदी की पूरी लंबाई के नीचे, उनके विश्वास की रक्षा करने की अपेक्षा की गई थी कि लेक विक्टोरिया सच्चा नील स्रोत था। 15 सितंबर को प्रारंभिक सत्र के बाद, स्पेक शिकार में चला गया, उसकी छाती में एक गोली के घाव के परिणामस्वरूप रहस्यमय तरीके से मर गया। कोरोनर की जूरी ने मौत को एक दुर्घटना करार दिया, लेकिन बर्टन ने इसे आत्महत्या माना। उन्होंने एक दोस्त को पीड़ा में लिखा, "धर्मार्थ का कहना है कि उसने खुद को गोली मार ली, अपरिचित का कहना है कि मैंने उसे गोली मार दी।"
बर्टन ने अगले चार साल सैंटोस, ब्रेज़ल में कौंसल के रूप में बिताए, जहाँ उन्होंने ब्राज़ील के हाइलैंड्स (1869) पर एक किताब लिखी और विक्रम और वैम्पायर, या टेल्स ऑफ़ हिंदू डेविल्री (1870) का अनुवाद किया। उन्होंने रोमांटिक पुर्तगाली कवि-खोजकर्ता लुइस डी कैमोस के कार्यों का अनुवाद करना शुरू किया, जिनके साथ उन्होंने रिश्तेदारी की गहरी भावना महसूस की। फिर भी उनके काम ने उन्हें ब्राजील के लिए अपने बढ़ते विरोध को दूर करने में मदद नहीं की। वह पीने के लिए ले गया, और आखिरकार उसने अपनी समर्पित पत्नी को उसके लिए एक बेहतर पद प्राप्त करने के लिए लंदन भेज दिया। वह विदेश सचिव को दमिश्क में बर्टन कौंसल की नियुक्ति के लिए मनाने में सफल रही।
मध्य पूर्व में वापस, जिसे वह प्यार करता था, एक समय के लिए बर्टन एक राजनयिक के रूप में अत्यधिक सफल था; लेकिन मुस्लिम साज़िश, उनकी रोमन कैथोलिक पत्नी के अभद्र आरोपों से जटिल हो गई, जिसके परिणामस्वरूप अगस्त 1871 में उनकी अपमानजनक बर्खास्तगी हुई। इस घटना का विवरण इसाबेल बर्टन ने अपनी जीवंत, रक्षात्मक इनर लाइफ़ ऑफ़ सीरिया (1875) में दर्ज किया था।
