जापानी रूढ़िवादी चर्च, पूर्वी रूढ़िवादी चर्च का स्वायत्त निकाय, मास्को के पितृसत्ता के साथ विहित संबंध में, जो टोक्यो महानगर के चुनाव की पुष्टि करता है। जापानी रूढ़िवादी चर्च एक उत्कृष्ट मिशनरी, निकोले कासटकीन (1836-1912) के प्रयासों से बनाया गया था, जो जापान के पहले रूढ़िवादी आर्चबिशप बन गए थे और 1970 में उन्हें संत घोषित किया गया था।
मिशन की शुरुआत (1872) के बाद से, चर्च विदेशी मिशनरी कर्मियों पर कभी भी निर्भर नहीं था। जापानी पुजारियों को टोक्यो में एक मदरसा में प्रशिक्षित होने के बाद ठहराया जाता है, और पादरी और हवलदार की एक सभा चर्च के मामलों के पूर्ण नियंत्रण में है। जापानी रूढ़िवादी के इस स्वदेशी चरित्र ने इसे कई राजनीतिक परीक्षणों और अलगाव की अवधि से बचने की अनुमति दी, जैसे कि रूसो-जापानी युद्ध और दो विश्व युद्ध। 1945 से 1970 के बीच चर्च अमेरिका के रूसी महानगरीय क्षेत्र के क्षेत्राधिकार के तहत था। 1970 में इसे मॉस्को के पितृसत्ता, इसकी मातृ चर्च से एक स्थायी स्वायत्त क़ानून मिला। टोक्यो के रूढ़िवादी गिरजाघर - जिसे निकोले कैथेड्रल कहा जाता है, इसके संस्थापक, निकोले कासाटकिन - जापानी राजधानी की सबसे बड़ी धार्मिक इमारतों में से एक है। लगभग 30,000 सदस्यों की संख्या वाले चर्च में टोक्यो, क्योटो, और सेंडाइ में डायोसिस हैं।