हालाँकि पनामा में अलगाववादी आंदोलन थे जब यह 19 वीं शताब्दी के दौरान कोलंबिया का हिस्सा था, वहाँ कोई मान्यता प्राप्त पनामा ध्वज नहीं था। 1903 में, जब कोलम्बिया के सीनेट ने संयुक्त राज्य अमेरिका के साथ प्रस्तावित संधि को अस्वीकार कर दिया था जो पनामा नहर के निर्माण के लिए प्रदान करेगा, अमेरिकियों ने पनामा की स्वतंत्रता आंदोलन का समर्थन किया, और पनामा गणराज्य का गठन किया गया।
प्रारंभ में एक ध्वज डिजाइन प्रस्तावित किया गया था जो कोलम्बियाई ध्वज के रंगों का उपयोग करता था। इसमें लाल और पीले रंग की समान क्षैतिज पट्टियाँ शामिल थीं, जिसमें एक नीले रंग की कैंटन के साथ दो जुड़े हुए पीले सूरज थे, जो भविष्य के पनामा नहर द्वारा ग्रह के दो हिस्सों को जोड़ने का प्रतीक थे। अंतिम रूप से चुना गया झंडा डिजाइन 4 जुलाई, 1904 को आधिकारिक हो गया; इसे दो तारों के साथ त्रैमासिक रूप से विभाजित किया गया था। जिम्मेदार प्रतीकात्मकता सरकार में दो प्रमुख राजनीतिक दलों का विकल्प था (मूल रूप से, लाल उदारवादियों के लिए था, परंपरावादियों के लिए नीला और उनके बीच शांति के लिए सफेद), हालांकि रंग और सितारे स्पष्ट रूप से ध्वज के प्रभाव पर संकेत देते थे संयुक्त राज्य। पनामियन फ्लैग को नए गणतंत्र के पहले राष्ट्रपति के बेटे मैनुअल ई। अमोरा द्वारा डिजाइन किया गया था।