बोस्निया अपनी मिश्रित जातीय आबादी के साथ कभी भी अपने स्वयं के विशिष्ट राष्ट्रीय प्रतीकों को विकसित नहीं कर पाया। 1946 से 1991-92 तक कम्युनिस्ट के नेतृत्व वाले यूगोस्लाविया के तहत, उदाहरण के लिए, बोस्निया और हर्ज़ेगोविना के सोशलिस्ट रिपब्लिक ने कैंटोन में यूगोस्लाव राष्ट्रीय ध्वज के एक छोटे संस्करण के साथ एक लाल बैनर का इस्तेमाल किया। जिस समय 3 मार्च, 1992 को स्वतंत्रता की घोषणा की गई थी, उस समय कोई भी ऐसा ध्वज नहीं था जो देश के बोस्निया, सर्ब और क्रोट्स के लिए स्वीकार्य था। बोस्नियाई वर्चस्व वाली सरकार ने इसलिए अपनाया कि उसे उम्मीद थी कि यह सुदूर अतीत से एक तटस्थ प्रतीक होगा। इसने किंग स्टेप्पन टॉमो (शासनकाल 1443-61) द्वारा इस्तेमाल किए गए हथियारों के कोट को चुना, जिसका श्रेय सबसे बड़े मध्यकालीन बोस्नियाई शासक, ट्वर्टको I (1377–91) को दिया गया। एक सफेद तिरछे धारी वाली छह नीली ढाल जिसमें छह सुनहरे फ्लीटर-डे-लिस थे, को एक सफेद झंडे के केंद्र में रखा गया था। आधिकारिक तौर पर 4 मई, 1992 को अपनाया गया कलात्मक प्रतिपादन, ज़्वोनीमीर बेबेक द्वारा बनाया गया था।
इस ध्वज को कई क्रैट्स और सर्बों ने अस्वीकार कर दिया था क्योंकि राष्ट्र गृहयुद्ध में फिसल गया था। 1995 के उत्तरार्ध में अमेरिका के डेटन, ओहियो में शांति दूतों ने हस्ताक्षर किए, सर्ब गणराज्य और बोस्निया और हर्ज़ेगोविना फेडरेशन के बीच देश के विभाजन को मान्यता दी, जिसे अक्सर क्रोएशिया-मुस्लिम महासंघ कहा जाता था। प्रत्येक राज्य के अपने प्रतीक थे, और क्रोट्स महासंघ के झंडे के वरीयता में क्रोएशियाई ध्वज का उपयोग करना जारी रखते थे, लेकिन 1992 में गणतंत्र के झंडे को अभी भी अंतरराष्ट्रीय स्तर पर मान्यता दी गई थी।
1995 के लहजे ने 1992 के डिजाइन को बदलने के लिए एक ध्वज के अंतिम निर्माण का आह्वान किया, लेकिन राष्ट्रीय विधायिका इस संबंध में अप्रभावी थी। इस प्रकार संयुक्त राष्ट्र ने एक नया झंडा (4 फरवरी, 1998) स्थापित किया, जिसे प्रतीकात्मक रूप से एक ही जातीय, धार्मिक या राजनीतिक समूह से नहीं जोड़ा जा सकता था।
