पूर्व में एक ब्रिटिश उपनिवेश, सेशेल्स 29 जून, 1976 को स्वतंत्र हो गया था। उस समय फहराए गए ध्वज में एक सफेद विकर्ण क्रॉस द्वारा अलग किए गए नीले और लाल रंग के त्रिकोण थे। शायद संयोग से नहीं, वह झंडा लगभग वैसा ही था जैसा कि ऑस्ट्रेलियन यूनाइटेड स्टीम नेविगेशन कंपनी द्वारा इस्तेमाल किया गया था, जिनके जहाजों ने 20 वीं शताब्दी की शुरुआत में द्वीपों का नियमित दौरा किया था। झंडा लंबे समय तक नहीं चला: सेशेल्स पीपुल्स यूनाइटेड पार्टी (एसपीयूपी) के नेतृत्व में 5 जून, 1977 को एक क्रांति हुई। नए झंडे में लाल-हरे-हरे रंग की क्षैतिज पट्टियाँ थीं जो एक लहरदार सफेद पट्टी से अलग थीं, जो कि केंद्र में पीले सूरज की कमी को छोड़कर SPUP ध्वज के समान थी।
1993 में विदेशी शक्तियों के दबाव से सरकार का लोकतांत्रिकरण हुआ। सत्तारूढ़ दल ने चुनावों में अपना एकाधिकार खो दिया, और सरकार में अन्य दलों की भागीदारी के कारण एक कम पक्षपातपूर्ण राष्ट्रीय ध्वज की मांग हुई। संसद ने 18 जून 1996 को फहराए गए एक ध्वज में विभिन्न दलों के रंगों को शामिल करते हुए एक डिजाइन को मंजूरी दी। ध्वज के रंग नीले (आकाश और समुद्र के लिए), पीले (जीवन देने वाले सूरज के लिए), लाल (ध्वज के लिए) हैं लोग और एकता और प्यार के लिए उनका काम), सफेद (सामाजिक न्याय और सद्भाव के लिए), और हरा (भूमि और प्राकृतिक वातावरण के लिए)।
